Salmão é uma alimento saudável por ter grandes quantidades de proteína e ômega 3. Porém, de acordo com estudos científicos, salmões criados em fazendas podem ter grandes níveis de dioxinas. Os níveis de bifenil policlorinado também podem ser até 8 vezes maiores no salmão criado em fazendas comparado com o salmão na natureza, e sua quantidade de ômega 3 ainda pode ser menor.

Porém, de acordo com as agências governamentais que regulam alimentos, o benefício de ingerir o salmão (até o criado em fazendas) sobrepuja os risco. Ainda, o salmão é geralmente uma das espécies de peixe menos afetada por contaminação de metil mercúrio.

Salmão cru pode ter contaminação de anisakidae, um parasita marinho. Até os refrigeradores serem disponíveis, os japoneses não consumiam salmão cru. A utilização de salmão cru no sushi e sashimi é relativamente recente.